Παρόλο που το Google Play πρόσφατα έφτασε το App Store όσον αφορά τον αριθμό των διαθέσιμων εφαρμογών , το App Store εξακολουθεί να προσφέρει πολύ περισσότερες εφαρμογές βελτιστοποιημένες για tablet και, κατ' αρχήν, αυτό θα πρέπει να αποτελεί πλεονέκτημα, όχι μόνο για το iPad αλλά και για το iPad Mini σε σύγκριση με άλλες συσκευές Android . Ωστόσο, ορισμένες πρόσφατες εκθέσεις ειδικών δείχνουν ότι δεν λειτουργούν σωστά όλες οι εφαρμογές στο νέο compact tablet της Apple.
Ένας από τους παράγοντες που πρέπει να λάβετε υπόψη όταν επιλέγετε ένα tablet είναι το οικοσύστημά του . Η κατανόηση και η εκτίμηση της ποσότητας και της ποιότητας των εφαρμογών που μπορούμε να εκτελέσουμε στη συσκευή μας, καθώς και του περιεχομένου στο οποίο μπορούμε να έχουμε πρόσβαση μέσω αυτής, είναι θεμελιώδης. Ο Tim Cook αναφέρθηκε σε αυτό όταν, κατά τη διάρκεια της παρουσίασης του iPad Mini , αφιέρωσε σημαντικό χρόνο στην ανάδειξη της τεράστιας γκάμας εφαρμογών βελτιστοποιημένων για iPad που είναι διαθέσιμες στο App Store , σε αντίθεση με τις προσφορές του Google Play που επικεντρώνονται κυρίως σε smartphone, και διαβεβαίωσε όλους ότι όλες θα είναι συμβατές με το iPad Mini.
Αυτό είναι ένα δυνατό σημείο του iPad Mini σε σύγκριση με το Nexus 7 , για παράδειγμα, αλλά σύμφωνα με ορισμένες πρόσφατες αναφορές, έχει κάποιους περιορισμούς. Σύμφωνα με το Geek.com, μετά από πολλές ημέρες δοκιμών του νέου compact tablet της Apple, διαπίστωσαν ότι δεν είναι όλες οι εφαρμογές που είναι βελτιστοποιημένες για iPad πραγματικά λειτουργικές στο iPad Mini . Η συντριπτική πλειοψηφία είναι, ωστόσο, είναι σημαντικό να διευκρινιστεί. Το πρόβλημα με τον σχεδιασμό ορισμένων εφαρμογών, όπως θα περίμενε κανείς, είναι η διαφορά στο μέγεθος της οθόνης . Σύμφωνα με τις οδηγίες της Apple, οι εφαρμογές θα πρέπει να έχουν μια διαδραστική περιοχή 44 x 44 pixel, αλλά δεν φαίνεται ότι όλοι οι προγραμματιστές έχουν ακολουθήσει αυτήν την οδηγία, γεγονός που μπορεί να τις κάνει δύσκολες στη χρήση. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η θέση των δακτύλων μας δεν αντικατοπτρίζεται με αρκετή ακρίβεια και οι εντολές μας δεν εκτελούνται σωστά ή καθόλου.